মুজিবকে তেজগাঁও বিমানবন্দর থেকে মধ্যরাতের পর পশ্চিম পাকিস্তানে নিয়ে যাওয়া হয় PAF C-130 ফ্লাইটে এটিসি অফিসার স্কোয়াড্রন লিডার খাজা, সিনিয়র অপারেশন অফিসার উইং কমান্ডার খাদেমুল বাশার এবং বিমানবন্দরের পরিচালক ও ফ্লাইট সিকিউরিটি স্কোয়াড্রন লিডার এম হামিদুল্লাহর নাকের নিচে। খান। জরুরি অবস্থার কারণে ওই রাতে সবাই ডিউটিতে ছিলেন। মুজিবকে পশ্চিম পাকিস্তানে স্থানান্তরিত করা হয় এবং ফয়সালাবাদের (তৎকালীন লায়লপুর) কাছে একটি কারাগারে কঠোর প্রহরায় রাখা হয়। অন্যান্য অনেক লীগ রাজনীতিবিদ গ্রেফতার এড়িয়ে যান। ভারত ও অন্যান্য দেশে পালিয়ে যাওয়ার মাধ্যমে। পাকিস্তানি জেনারেল রহিমুদ্দিন খানকে ফয়সালাবাদে মুজিবের সামরিক আদালতের মামলার সভাপতিত্ব করার জন্য নিযুক্ত করা হয়েছিল, যার কার্যক্রম কখনও হয়নি সবার জন্য উন্মুক্ত.
শৃঙ্খলা পুনরুদ্ধারের জন্য সেনাবাহিনীর অভিযান শীঘ্রই সন্ত্রাস ও রক্তপাতের তাণ্ডবে অধঃপতন হয়ে যায়। রাজাকার নামে পরিচিত মিলিশিয়াদের সাথে সেনাবাহিনী বাঙালি বুদ্ধিজীবী, রাজনীতিবিদদের টার্গেট করেছিল এবং ইউনিয়ন নেতাদের পাশাপাশি সাধারণ নাগরিকরাও। পরিস্থিতির অবনতির কারণে, বিপুল সংখ্যক হিন্দু সীমান্ত পেরিয়ে প্রতিবেশী ভারতের রাজ্য পশ্চিমবঙ্গ, আসাম এবং ত্রিপুরায় পালিয়ে যায়। পূর্ব বাঙালি সেনা ও পুলিশ রেজিমেন্ট শীঘ্রই বিদ্রোহ করে এবং লীগ নেতারা মুজিবের ঘনিষ্ঠ রাজনীতিবিদ তাজউদ্দীন আহমদের অধীনে কলকাতায় নির্বাসিত সরকার গঠন করে। পূর্ব পাকিস্তান জুড়ে মুক্তিবাহিনীর (মুক্তিযোদ্ধা) নেতৃত্বে একটি বড় বিদ্রোহ শুরু হয়। আন্তর্জাতিক চাপ সত্ত্বেও, পাকিস্তান সরকার মুজিবকে মুক্তি দিতে এবং তার সাথে আলোচনা করতে অস্বীকার করে। এ সময় মুজিব পরিবারের অধিকাংশকে গৃহবন্দী করে রাখা হয়। জেনারেল ওসমানী মুক্তিবাহিনীর প্রধান সামরিক কমান্ডিং অফিসার ছিলেন, যেটি বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ নামে পরিচিত যুদ্ধের সময় রাষ্ট্রীয় বাহিনী এবং জাতীয়তাবাদী মিলিশিয়াদের মধ্যে লড়াইয়ের একটি অংশ ছিল। ডিসেম্বরে ভারতীয় হস্তক্ষেপের পর, ১৯৭১ সালের ভারত-পাকিস্তান যুদ্ধে, পাকিস্তানি সেনাবাহিনী বাঙালি মুক্তিবাহিনী এবং ভারতীয় সেনাবাহিনীর যৌথ বাহিনীর কাছে আত্মসমর্পণ করে এবং লীগ নেতৃত্ব ঢাকায় একটি সরকার গঠন করে যাকে বলা হয় মুজিবনগর সরকার<।
ইয়াহিয়া খানের পদত্যাগের পর রাষ্ট্রপতির দায়িত্ব গ্রহণের পর, জুলফিকার আলী ভুট্টো আন্তর্জাতিক চাপে সাড়া দেন এবং 1972 সালের 8 জানুয়ারি মুজিবকে মুক্তি দেন। কারাগার থেকে মুক্তি পাওয়ার পর, ভুট্টো এবং মুজিব রাওয়ালপিন্ডিতে মিলিত হন। এরপর তাকে লন্ডনে নিয়ে যাওয়া হয় যেখানে তিনি ব্রিটিশ প্রধানমন্ত্রীর সাথে দেখা করেন। ক্লারিজের হোটেলে মন্ত্রী এডওয়ার্ড হিথ এবং আন্তর্জাতিক সংবাদমাধ্যমের সামনে বক্তব্য রাখেন। মুজিব এরপর তাকে ঢাকায় ফিরিয়ে নেওয়ার জন্য ব্রিটিশ সরকার কর্তৃক প্রদত্ত রয়্যাল এয়ার ফোর্স (RAF) জেট বিমানে নয়াদিল্লি চলে যান। নয়াদিল্লিতে, তাকে ভারতের রাষ্ট্রপতি বরাহগিরি ভেঙ্কটা গিরি এবং ভারতের প্রধানমন্ত্রী ইন্দিরা গান্ধী পাশাপাশি সমগ্র ভারতীয় মন্ত্রিসভা এবং সশস্ত্র বাহিনীর প্রধানরা স্বাগত জানান। মুজিব এবং গান্ধী একটি বিশাল জনতাকে সম্বোধন করার কারণে দিল্লিকে একটি উৎসবমুখর রূপ দেওয়া হয়েছিল যেখানে তিনি প্রকাশ্যে গান্ধী এবং “আমার জনগণের সেরা বন্ধু, ভারতের জনগণ” এর প্রতি কৃতজ্ঞতা প্রকাশ করেছিলেন। “নয়া দিল্লী থেকে, শেখ মুজিব আরএএফ জেটে ঢাকায় ফিরে আসেন যেখানে তেজগাঁও বিমানবন্দরে বিশাল এবং আবেগময় জনতা তাকে স্বাগত জানায়।”
